网站 架构设计,购物网站怎么做推广,多用户商城购物系统,互联网营销师培训基地HMMER是一个软件包#xff0c;它提供了制作蛋白质和DNA序列域家族概率模型的工具#xff0c;称为轮廓隐马尔可夫模型、轮廓HMM或仅轮廓#xff0c;并使用这些轮廓来注释新序列、搜索序列数据库以寻找其他同源物#xff0c;以及进行深度多重序列比对。HMMER是已知蛋白质和DN…HMMER是一个软件包它提供了制作蛋白质和DNA序列域家族概率模型的工具称为轮廓隐马尔可夫模型、轮廓HMM或仅轮廓并使用这些轮廓来注释新序列、搜索序列数据库以寻找其他同源物以及进行深度多重序列比对。HMMER是已知蛋白质和DNA序列域家族的几种综合比对和图谱的基础包括Pfam数据库。
网页版 https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/
conda install hmmer
# 各种安装方式。http://hmmer.org/documentation.html# install_path/hmmer-3.3.2/tutorial test文件位置### 1. hmmsearch:用profile文件搜索序列数据库## Step 1: build a profile with hmmbuild# globins4.sto 四个珠蛋白序列的MSA比对结果Stockholm formathmmbuild globins4.hmm globins4.sto# 统计对序列比对MSA 的HMM隐马尔科夫 profile
hmmstat globins4.hmm## Step 2: search the sequence database with hmmsearch
# 下载数据库文件如 uniprot_sprot.fasta globins45.fa为演示数据库hmmsearch globins4.hmm globins45.fa globins4.out# 输出globins4.out为sequence top hits listBLAST-like style
# E-value 期望的假阳性率### 2 在序列数据库中迭代搜索
jackhmmer HBB_HUMAN uniprot_sprot.fasta### 3. 用序列文件搜索profile数据库
## Step 1: create a profile database file
hmmbuild globins4.hmm globins4.sto
hmmbuild fn3.hmm fn3.sto
hmmbuild Pkinase.hmm Pkinase.sto
cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm minifam## Step 2: compress and index the flatfile with hmmpress
hmmpress minifam## Step 3: search the profile database with hmmscan
hmmscan minifam 7LESS_DROME
参考http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf
